Geboren 1973 in Freiburg im Breisgau studierte Christian Günther von 1994–2000 Orchesterdirigieren an der Hochschule für Musik und Theater in München und war schon damals als Dirigent des Ensembles „piano possibile" im Bereich der Neuen Musik aktiv. Von 2002–2007 war er als 2. Kapellmeister am Bremer Theater tätig, wo er unter anderem die Oper „Unterwegs" von Studierenden der HfK aus der Klasse von Professorin Younghi Pagh-Paan uraufführte. Von 2007–2012 war er in der Folge der Dirigent des Ensembles „Atelier Neue Musik" und ist seitdem Dozent für Ensembleleitung.

Seit 2008 ist er Stellvertretender Chordirektor an der Hamburgischen Staatsoper. 2017 war er Assistent des Chordirektors bei den Bayreuther Festspielen und 2018 Gast am Opernhaus Zürich. Seit 2018 ist er auch regelmäßiger Gasteinstudierer beim NDR-Chor.