Margit Kern startete ihre internationale Karriere mit dem Gewinn des 1. Preises des Gaudeamus Wettbewerbes für Interpretation von Neuer Musik. Sie konzertiert international, auch in USA, Kanada, China und Süd-Korea. Sie ist Gast bei Musikfabrik, den Neuen Vocalsolisten, Rias Kammerchor, und anderen Ensembles und spielte zahlreiche Uraufführungen. Festivals wie ZAMUS Köln, Forum Neue Musik DLF, Movimentos Wolfsburg, Ultraschall Berlin, laden sie ein, viele ihrer Projekte initiiert sie selbst von der Idee bis zur Verwirklichung. Ihre CDs entstanden als Rundfunkproduktionen mit Radio Bremen, RBB, Deutschlandfunk und BR. Sie arbeitet seit vielen Jahren im Spannungsfeld von Alter und Neuer Musik zusammen mit der international führenden Schalmei-Spezialistin Katharina Bäuml. Zusammen mit ihr gründete sie das in diesem Bereich wegweisende Ensemble Mixtura. Weitere regelmäßige und enge Zusammenarbeit mit ganz unterschiedlichen künstlerischen Projekten und Produktionen pflegt sie mit dem Schlagzeuger Olaf Tzschoppe, Professor der Hochschule für Künste, Bremen, im gemeinsam gegründeten Ensemble Etendis. Mit Axel Porath, einem der führenden Bratschisten für Neue Musik in Deutschland verbindet sie ebenfalls eine langjährige Zusammenarbeit. Margit Kern lehrt als Honorarprofessorin an der Hochschule für Künste, Bremen im Fachbereich Musik.