Nach ihrem Abitur in Bad Bentheim studierte Antje Stephan an der Universität Osnabrück Europäischen Studien (Abschluss als Magistra Rerum Europae). Ihren Auslandsaufenthalt an der University of Hull (UK) im Studiengang Modern European Cultures and Societies schloss sie mit dem Master of Arts Modern European Cultures and Societies ab. Unterstützt durch ein Promotionsstipendium der Hans-Böckler-Stiftung promovierte sie anschließend an der Universität Osnabrück im Fach Europäische Studien als Doktorin der Wirtschafts- und Sozialwissenschaften (Dr. rer. pol.).

Im Zuge ihres Wechsels als Wissenschaftliche Mitarbeiterin an das Forschungsinstitut Betriebliche Bildung gGmbH, Nürnberg unterstützte sie u.a. das Bundesministerium für Bildung und Forschung bei der Entwicklung des Deutschen Qualifikationsrahmens.

Von 2009 bis 2016 war Antje Stephan an der Universität Passau zunächst in leitenden Positionen für nationale und internationale Forschungsförderung und universitäre Netzwerke verantwortlich. Schließlich war sie drei Jahre lang als Geschäftsführerin des Graduiertenzentrums der Universität Passau tätig, bevor sie 2017 als Kanzlerin an die HfK wechselte.